Nel 1541, a Cotrone apre un grande cantiere pubblico, destinato a persistere per circa 60 anni. La sua intenzione era quella di costruire un nuovo impressionante muro urbano e nel frattempo l’ammodernamento della fortezza medievale che dominava Crotone e intitolata a Carlo V.
La ricerca storica ha ignorato che due bastioni delle mura si eressero sul lato settentrionale, in una posizione per creare banchine fin dall’età romana e costruito in modo da distruggere la convessità delle piccole baie naturali. Questo cantiere ha sprecato l’eccezionale patrimonio infrastrutturale della città di Pitagora e ha lasciato solo il molo meridionale periferico. Ha provocato un annientamento della disposizione marittima e dei suoi 2000 anni di storia.